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Comparando con las técnicas de RAPD, RFLP y microsatélites, los AFLP tienen igual o 
mejor reproducibilidad, resolución y una mayor eficiencia en términos de tiempo. 
Probablemente la mayor ventaja radica en que es capaz de detectar un mayor grado de 
polimorfismo a nivel general del genoma, lo cual lo ha posicionado como una excelente 
alternativa para estudios de sistemática y genética de poblaciones. 
 
Algunos trabajos han permitido la identificación de genes asociados a la resistencia de 
hongos patógenos en tomate (Thomas et al, 1995), elaborar mapas de ligamiento 
genético en distintos ecotipos de Arabidopsis  (Alonso-Blanco et al., 1998) y detectar 
posibles introgresiones genéticas entre distintas especies (maíz y trigo) para la  
producción de haploides (Brazauskas et al,  2004).   
 
En la Universidad San Carlos de Guatemala, se llevaron a cabo estudios sobre la 
diversidad genética del frijol silvestre (P. vulgaris), en donde se pudo establecer 
características asociadas a su región ecofisiográfica de origen (Azurdia, 1999).  
 
El Laboratorio de Biotecnología del Instituto de Ciencia y Tecnología Agrícolas (ICTA),  
Guatemala; utilizó esta técnica para evaluar 64 combinaciones de partidores EcoRI – 
MseI en las variedades de frijol (Phaseolus vulgaris L.): ICTA Altense e ICTA Hunapú; 
determinándose las combinaciones E+ACA / M+CAC, E+ACC / M+CAG, E+AGC / 
M+CTC y E+ACA / M+CAT como las variedades que tienen los niveles más altos de 
polimorfismo.  Utilizando estas combinaciones se caracterizó un grupo de veinte líneas 
mejoradas de frijol provenientes de las dos variedades antes mencionadas, cuya 
característica principal y común es la precocidad que poseen debido a mutaciones 
inducidas.  En este estudio se logró generar una huella dactilar genética con 
polimorfismos capaces de identificar cada una de las líneas.  Además, se calculó la 
distancia genética dentro de los materiales utilizando el coeficiente de Nei-Li y se 
generó un dendrograma utilizando el método UPGMA, estableciendo que la variabilidad 
existente dentro del grupo de líneas provenientes de ICTA Altense es mayor que la del 
grupo proveniente de ICTA Hunapú.  Las bandas polimórficas de estos grupos con las 
variedades originales, pueden estar ligadas a la característica mutante de precocidad. 
En la siguiente fase de este estudio se pretenden identificar estas bandas mediante el 
análisis de una población segregante F2 (Ávalos & Molina, 2003, en proceso de 
publicación). 
 
Utilizando la misma metodología del trabajo, se analizó un grupo de 12 variedades 
mejoradas de frijol: IAN 5091, San Martín, Compuesto Chimalteco-2, Parramos, 
Quinack-Che, DORICTA, ICTA Altense, ICTA Hunapú, ICTA Ligero, ICTA Ostúa, ICTA 
Santa Gertrudis e ICTA Texel.  Se logró generar un patrón genético molecular para 
cada variedad, se calculó la distancia genética entre ellas y se elaboró un dendrograma 
de sus relaciones; lo cual permitió calcular las distancias o similitudes genéticas entre 
variedades, que permitirán perfeccionar los programas de mejoramiento que se están 
llevando a cabo y asegurar un mayor éxito en las cruzas genéticas (Sagastume et al., 
2003). 
 
Con esta misma técnica se está caracterizando el ajo cultivado en Guatemala.  Se 
recolectaron muestras de ajo en los municipios de Aguacatán y Chiantla, del 

Instituto de Agricultura, Recursos Naturales y Ambiente de la URL                                        Serie técnica No. 15